遗传因素：多数患儿可以发现在其直系亲属或旁系中，也有同样畸形发生。据调查，唇裂的发病率为0。17%。父母一方是唇裂的，其子女的发病率可高达2。6%-5。6%，比前者高出15-32倍。父亲患有唇腭裂，后代患病率为3%左右，如果是母亲患病，则遗传给子女的几率高达14%。健康父母已生育一个有兔唇的孩子，那么出现第二个有兔唇的几率为4%。若已生过俩兔唇子女，再次怀孕生兔唇孩子的几率就上升到9%。近亲结婚者的子女发病率更高。

　　营养因素：妇女怀孕期间的呕吐和偏食可影响营养摄入，造成维生素缺乏，在动物实验中，用缺乏维生素A、E的食物喂养怀孕小白鼠时，出生的幼鼠常有唇腭裂发生。

　　病毒感染：在妊娠早期(2个月内)，如遇风疹病毒感染，可能成为婴儿唇腭裂的原因。

　　药物因素：有些药物能通过胎盘屏障影响胚胎发育，如安眠药、抗过敏药、苯妥英那、肾上腺皮质激素、环磷酸胺均可导致胎儿畸形。

　　内分泌影响：实验证明，孕鼠在孕后9天、10天、11天各注射肾上腺皮质激素，其所生育的幼鼠中多患有唇腭裂。因此，在怀孕早期(8周内)，如孕妇因精神紧张及外伤等原因，可使体内的肾上腺皮质激素分泌增加，从而导致婴儿先天畸形。

　　放射线：妊娠早期如果接触放射线，则有可能导致胎儿唇裂腭裂。